Una enfermedad o un accidente que te impida trabajar durante semanas puede ser, para un autónomo, tanto un problema de salud como una crisis financiera. A diferencia de los asalariados, cuyas bajas son gestionadas por la empresa, el autónomo debe conocer exactamente cuáles son sus derechos, desde qué día empiezan a aplicarse y cómo gestionar el proceso para minimizar el impacto económico.
¿Qué cubre la Seguridad Social en la baja de un autónomo?
La baja por incapacidad temporal (IT) está cubierta por el RETA siempre que hayas cotizado por las contingencias correspondientes. Desde 2019, la cotización por contingencias comunes (enfermedad y accidente no laboral) y por contingencias profesionales (accidente de trabajo y enfermedad profesional) es obligatoria para todos los autónomos del RETA.
¿Desde qué día empieza a cobrar el autónomo?
Este es el punto más importante que distingue al autónomo del asalariado:
- Enfermedad común o accidente no laboral: La prestación empieza a pagarse a partir del cuarto día de baja. Los tres primeros días no tienen cobertura de la Seguridad Social.
- Accidente de trabajo o enfermedad profesional: La prestación se abona desde el día siguiente al accidente, sin período de carencia.
¿Cuánto cobras durante la baja?
El importe de la prestación depende de tu base de cotización al RETA:
- Del 4º al 20º día: El 60% de la base reguladora diaria.
- Del 21º día en adelante: El 75% de la base reguladora diaria.
La base reguladora diaria es tu base de cotización mensual dividida entre 30. Si tu base de cotización es de 1.200 €/mes, tu base reguladora diaria es 40 €. Del 4º al 20º día cobras 24 €/día; a partir del 21º día, 30 €/día.
Este cálculo pone de manifiesto por qué cotizar por bases más altas tiene sentido más allá de la jubilación: ante una baja prolongada, la diferencia entre cobrar 600 €/mes o 1.200 €/mes puede ser determinante para la supervivencia financiera del negocio.
¿Debo seguir pagando la cuota del RETA durante la baja?
La respuesta depende de la duración de la baja:
- Hasta el día 60 de baja: Pagas la cuota del RETA normalmente. No hay exención.
- A partir del día 61: La Mutua colaboradora o el INSS asume el pago de tu cuota del RETA, liberándote de ese coste mensual.
"La cobertura de incapacidad temporal para autónomos ha mejorado sustancialmente desde 2019 con la obligatoriedad de cotizar por contingencias profesionales, pero el período de espera de los primeros 3 días sigue siendo una diferencia significativa respecto a los trabajadores por cuenta ajena." — Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones, informe 2025
⚠️ Prohibición importante: No puedes seguir emitiendo facturas ni trabajando durante la baja médica. Si la Mutua o el INSS verifican que has realizado actividad profesional estando de baja, pueden reclamarte el importe íntegro de la prestación cobrada más los recargos correspondientes.
Cómo gestionar la baja médica paso a paso
- Tu médico de cabecera o el servicio de urgencias emite el parte de baja.
- Comunica la baja a tu Mutua colaboradora de la Seguridad Social o al INSS si tu mutua no cubre IT.
- Presenta los partes de confirmación de baja con la periodicidad que establezca tu médico.
- Al darte de alta médica, presenta el parte de alta a la mutua.
Seguros privados complementarios: la protección que el RETA no da
Dado que la cobertura pública no empieza hasta el cuarto día y puede ser insuficiente para mantener tu nivel de ingresos, muchos autónomos contratan seguros privados de incapacidad temporal que pagan desde el primer día de baja una indemnización diaria fija. El coste es relativamente bajo (entre 30 y 80 €/mes según cobertura y edad) y puede ser la diferencia entre superar una baja prolongada sin deudas o no.
Para información actualizada sobre la gestión de la incapacidad temporal para autónomos, consulta el portal oficial de la Seguridad Social.
Duración máxima de la baja por incapacidad temporal
La baja por enfermedad o accidente tiene una duración máxima de 365 días prorrogables hasta 180 días más (un total de 545 días) si el INSS considera que la recuperación es probable. Si pasado ese tiempo no puedes reincorporarte al trabajo, el proceso pasa a la valoración de incapacidad permanente, que puede derivar en una prestación permanente según el grado de limitación reconocido.
Durante todo el período de baja, la Mutua o el INSS realizan seguimientos periódicos de tu estado de salud para verificar que la incapacidad se mantiene. La entidad puede convocar reconocimientos médicos y tiene la facultad de dar el alta médica si considera que has recuperado la capacidad de trabajo.